El hidrógeno contribuye de forma significativa a los costes totales del sistema energético e incluyen, por un lado, los costes de generación, acondicionamiento y distribución del hidrógeno a partir de la electricidad renovable y, por otro, los derivados de la acumulación.
Los mayores costes para la producción del hidrógeno son los de inversión en equipamiento, que se ven muy afectados por el factor de capacidad con el que se use. Los costes por unidad de energía del estudio resultan superiores a los que se consideran en los estudios actuales, ya que el hidrógeno se emplea como elemento de regulación del sistema, por lo que su factor de capacidad es menor. El escenario de costes adoptado parte de unos costes representativos de la tecnología actual e introduce unas tasas de aprendizaje general para la tecnología.
Para la acumulación, se adopta un escenario de evolución de costes, que parte de unos costes representativos de la situación actual, e implementa unas tasas de aprendizaje de la tecnología.